Wohnungseigentümergemeinschaften sind Unternehmer im Sinne des Umsatzsteuergesetzes. Die Spezialität liegt darin, dass als Umsatzsteuerbasis für die Umsatzsteuerabfuhr der Nettoaufwand heranzuziehen ist. Demnach ist vom Aufwand, den die Gemeinschaft im Zeitpunkt der Leistung erhält, im selben Zeitpunkt eine Weiterleistung an die Wohnungseigentümer zu unterstellen. Besonders bei höheren Sanierungskosten ist darauf zu achten, dass die Steuerschuld bereits im Zeitpunkt der Erbringung der Sanierungsleistung an die WEG entsteht.
Von diesem System abweichend erfolgt die Verrechnung der Betriebskosten, da diese als Anzahlungen in Höhe der monatlichen Pauschalbeträge der Umsatzsteuer zu unterwerfen sind.
Im Zuge der Jahresabrechnung erfolgt die umsatzsteuerrechtliche Schlussrechnung mit entsprechender Abschlusszahlung bzw. Gutschrift. Diskussionsthema ist dabei, wann die Gemeinschaft der Wohnungseigentümer den Endsaldo umsatzsteuerrechtlich zu verrechnen hat bzw. in welchem Zeitpunkt auch ein allenfalls unternehmerisch nutzender Wohnungseigentümer Vorsteuerabzugsberechtigung hat.
Diesbezüglich gibt es eine Rechtsauffassung des Ministeriums wie folgt: „Nach UStR 2000 Rz 2624 bestehen keine Bedenken, wenn eine WEG auch bei Sollbesteuerung die auf die Betriebskosten entfallende Abschlusszahlungen oder Gutschriften im Zeitraum der zivilrechtlichen Fälligkeit versteuert.“